Après avoir appris que le Dr Phibes a consommé une grande quantité de la nouvelle formule nano-tech, Shaggy et Scooby doivent rapidement concevoir un plan pour se débarrasser de chaque nano-bot à l'intérieur de son corps avant que Phibes ne devienne complètement imparable et détruit un groupe d'octuplets presque identiques (quatre de chaque sexe) connu sous le nom de Nifties.