Dr Phibes, Shaggy et Scooby sont fatigués de leurs batailles entre eux, et ils décident de partir en vacances: sans le savoir sur le même bateau de croisière! Ils se rencontrent bientôt et appellent à une trêve, mais lorsque les activités de Shaggy et Scooby perturbent constamment le repos du Dr Phibes, et que lui et ses agents essaient de les détruire.